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Installation du logiciel Visit

croche004

Coucou !

J'essaie depuis un moment d'installer le logiciel Visit en suivant les instructions trouvées sur le site mais rien à faire, je n'y arrive pas et je comprends pas...
J'ai essayé de suivre les instructions dans la section "Installer sur Linux" de cette page : https://visit-sphinx-github-user-manual.readthedocs.io/en/latest/Intro/Installing_VisIt.html
J'ai téléchargé l'archive sur cette page : https://wci.llnl.gov/simulation/computer-codes/visit/executables
J'ai choisi la version Visit 3.1.3, le lien pour Ubuntu 20. J'ai aussi chargé le script d'installation visit-install3_1_1 et je n'arrive à rien...

Merci d'avance pour votre aide,
Claire

[EDIT SOLUTION :]

Bonjour,

Encore une fois, l'aide précieuse d'abelthorne m'a aidé à solutionner le problème ! Un grand merci !!!
Tout d'abord, je n'avais pas téléchargé les bons fichiers. En effet, pour la dernère version, il faut installer :
- visit3_1_3.linux-x86_64-ubuntu20.tar.gz : https://wci.llnl.gov/simulation/computer-codes/visit/executables (dépend de votre OS, mais prendre dans la sélection en haut, pour la version 3.1.3)
- visit-install3_1_3 : https://github.com/visit-dav/visit/releases/download/v3.1.3/visit-install3_1_3

Ensuite, se placer dans le dossier dans lequel sont ces fichiers et exécuter les commandes :

mv visit-install3_1_3 visit-install
mv visit3_1_3.linux-x86_64-ubuntu20.tar.gz visit3_1_3.linux-x86_64.tar.gz
chmod +x visit-install
sudo ./visit-install 3.1.3 linux-x86_64 /usr/local/visit

Choisir une option entre 1 et 23, ça n'a pas trop d'importance de ce qu'un ami m'a dit.

Enfin, pour ouvrir Visit :

/usr/local/visit/bin/visit

Sinon, pour ajouter Visit à l'ensemble des programmes, voici une solution de génie proposée par abelthorne :

abelthorne a écritOn va essayer de créer un lanceur :

gedit ~/.local/share/applications/visit.desktop

Dans l'éditeur de texte, colle ce qui suit :

[Desktop Entry]
Name=Visit
Comment=Visit
Exec=/usr/local/visit/bin/visit
Path=/usr/local/visit/bin
Type=Application
Icon=applications-science.png
Categories=Science

Enregistre et vérifie si Visit apparaît bien dans les Applications. Il faudra peut-être relancer la session, GNOME est parfois un peu tatillon quand on ajoute des lanceurs locaux. Et donc, si le lanceur apparaît, dis-moi si l'appli se lance bien.

J'espère que ça vous aidera aussi !

Claire

abelthorne

C'est une installation manuelle, qu'ils préconisent de faire dans /usr/local/bin, ce qui implique qu'il faut lancer le script via sudo pour avoir le droit d'écrire dans ce dossier. Idéalement, il faudrait trouver une version à un format plus simple à gérer mais il n'y en a peut-être pas.

Le lien pour télécharger l'exécutable précise aussi une version de GCC, donc il y aura potentiellement une étape de compilation avec des dépendances à installer.

Dans un premier temps, on va rendre le script exécutable et essayer de le lancer. Tout d'abord, décompresse l'archive (le .tar.gz) où tu veux et donne-moi le chemin du dossier obtenu (dans lequel il devrait y avoir visit-install).

croche004

abelthorne a écritDans un premier temps, on va rendre le script exécutable et essayer de le lancer. Tout d'abord, décompresse l'archive (le .tar.gz) où tu veux et donne-moi le chemin du dossier obtenu (dans lequel il devrait y avoir visit-install).

Coucou abelthorne !
Toujours plus compliqué... :lol:
J'ai décompressé l'archive, je peux rester dans le dossier "Téléchargements" ? Voici le chemin et ce qui se trouve dans le dossier :

claire@Claire:~/Téléchargements$ ls
rstudio-1.3.1093-amd64.deb  visit3_1_2.linux-x86_64                  visit-install3_1_1
TP_AD_1_nonsup.pdf          visit3_1_2.linux-x86_64-ubuntu20.tar.gz  zoom_amd64.deb

Je ne comprends pas quelque chose, est-ce que visit-install c'est ici visit-install3_1_1 ?

abelthorne

Déjà, c'est normal que tu aies un visit3_1_2.linux-x86_64-ubuntu20.tar.gz et un visit3_1_2.linux-x86_64 (ce dernier étant vraisemblablement le .tar.gz extrait) ? Est-ce que tu as essayé de faire quelque chose avec ?

Ce visit_install3_1_1 vient d'où ? c'est un dossier ? peut-être extrait du fichier visit3_1_3.linux-x86_64-ubuntu20.tar.gz téléchargé ? mais je ne vois pas ce dernier...

croche004

abelthorne a écritDéjà, c'est normal que tu aies un visit3_1_2.linux-x86_64-ubuntu20.tar.gz et un visit3_1_2.linux-x86_64 (ce dernier étant vraisemblablement le .tar.gz extrait) ? Est-ce que tu as essayé de faire quelque chose avec ?

Alors, sur le site qui explique comment installer Visit (https://visit-sphinx-github-user-manual.readthedocs.io/en/latest/Intro/Installing_VisIt.html), j'ai cru comprendre dans la partie 1.2 qu'il fallait commencer par télécharger sur cette page https://wci.llnl.gov/simulation/computer-codes/visit/executables le dossier de la version compatible avec notre OS. D'où le visit3_1_2.linux-x86_64-ubuntu20.tar.gz que j'ai téléchargé, puis que j'ai extrait. Ensuite, il est dit que si on installe sur Linux, on doit faire une étape supplémentaire, je suis donc allée au paragraphe 1.2.2 où il est dit de télécharger le script visit-install.
Alors pareil, sur le second site, dans la catégorie de la version que je voulais installer, j'ai cliqué sur "Visit Install script" pour charger ce script, ce qui m'a chargé le fameux fichier visit-install3_1_1.
J'ai essayé ensuite de faire les commandes, ne comprenant pas le lien avec le premier dossier téléchargé, mais je n'ai pas réussi à comprendre. J'ai tenté de me balader dans le dossier pour voir ce qu'il contenait mais je n'ai pas compris non plus ce que c'était, à part plein de codes.

abelthorne

Oui, effectivement, il faut télécharger l'archive qui correspond à l'OS (Ubuntu 20). Ce que je ne comprends pas, c'est pourquoi tu as les fichiers de la version 3.1.2 alors que tu veux installer la 3.1.3 (si j'ai bien suivi) ? Quelle version est-ce que tu veux installer ? 3.1.2 ou 3.1.3 ?

Au-delà de ça, j'ai mal lu la doc, le visit-install3_1_1 est apparemment le script (mais pour la... 3.1.1) et il a l'air de gérer le .tar.gz tout seul, sans avoir à l'extraire.

croche004

abelthorne a écritOui, effectivement, il faut télécharger l'archive qui correspond à l'OS (Ubuntu 20). Ce que je ne comprends pas, c'est pourquoi tu as les fichiers de la version 3.1.2 alors que tu veux installer la 3.1.3 (si j'ai bien suivi) ? Quelle version est-ce que tu veux installer ? 3.1.2 ou 3.1.3 ?

Ah oui je vois le soucis... Je suis une gourde, désolée...
Bon, j'ai téléchargé le bon fichier pour la version 3.1.3.
J'ai donc :
- L'archive visit3_1_3.linux-x86_64-ubuntu20.tar.gz
- J'ai le script install-version3_1_1

Cependant, lorsque je tape les commandes indiquées sur le site, ça me met commande introuvable

abelthorne

Donc, tu as les deux fichiers dans Téléchargements ? Dans ce cas, ça devrait être quelque chose comme ça :

cd ~/Téléchargements
chmod +x visit-install3_1_3
sudo ./visit-install3_1_3 3.1.3 linux-x86_64 /usr/local/visit

La première commande te place dans le dossier Téléchargements qui est dans ton dossier perso (~ étant un raccourci qui désigne celui-ci).
La deuxième commande rend le fichier visit-install3_1_3 exécutable (on ajoute la permission x).
La troisième commande lance le script visit-install3_1_3 se trouvant dans le dossier courant (.) avec les paramètres indiqués dans la doc et via sudo, qui est une commande permettant d'obtenir les droits admin temporairement. Ils sont nécessaires parce que la destination (/usr/local/visit) est un dossier système dans lequel seul l'admin a le droit d'écrire.

À noter que si tu lances le nom d'une commande (ici, visit-install3_1_3) sans indiquer le chemin où la trouver, le shell va la chercher dans une liste de dossiers prédéfinis (ceux qui sont listés dans la variable d'environnement $PATH) et jamais dans le dossier courant. C'est vraisemblablement pour ça que tu avais un message "commande introuvable" même si tu t'étais placée dans le bon dossier et qu'on doit donc lui indiquer de la lancer depuis le dossier courant (./visit-install3_1_3). Ça fonctionnerait aussi avec le chemin complet (sudo /home/claire/Téléchargements/visit-install3_1_3 3.1.3 linux-x86_64 /usr/local/visit) mais c'est plus long à taper.

croche004

D'accord je vois merci, je comprenais pas trop ce qu'était ce fichier visit-install3_1_1.
J'ai bien fait la ligne chmod pour rendre le fichier éxecutable, cependant, la commande reste introuvable :

claire@Claire:~/Téléchargements$ sudo ./visit-install3_1_3 3.1.3 linux-x86_64 /usr/local/visit
[sudo] Mot de passe de claire : 
sudo: ./visit-install3_1_3 : commande introuvable

J'ai essayé avec

sudo ./visit-install3_1_1 3.1.3 linux-x86_64 /usr/local/visit

également mais même résultat (j'ai du mal comme il y a du 3_1_1 et du 3_1_3, je me perds).

abelthorne

Quand il y a le moindre doute, évite de faire des commandes au pif ou d'essayer de les adapter si tu ne sais pas exactement ce que tu fais, surtout avec sudo.

Je suis parti du principe que le script d'installation s'appelait "visit-install3_1_3" parce que c'est le nom du fichier à télécharger sur la page des téléchargements. Donc, avant d'aller plus loin, dis-moi ce que tu as dans ton dossier Téléchargements :

ls -l ~/Téléchargements

croche004

Oui, désolée, c'est le désespoir et la fatigue...
Voici ce que cela me retourne :

claire@Claire:~/Téléchargements$ ls -l .
total 908288
-rw-rw-r-- 1 claire claire 126802136 nov.   5 13:56 rstudio-1.3.1093-amd64.deb
-rw-rw-r-- 1 claire claire    196214 nov.   6 10:46 TP_AD_1_nonsup.pdf
drwxrwxr-x 5 claire claire      4096 nov.   6 15:28 visit3_1_2.linux-x86_64
-rw-rw-r-- 1 claire claire 414047219 nov.   6 11:35 visit3_1_2.linux-x86_64-ubuntu20.tar.gz
-rw-rw-r-- 1 claire claire 344219162 nov.   6 20:05 visit3_1_3.linux-x86_64-ubuntu20.tar.gz
-rw-rw-r-- 1 claire claire     46439 nov.   6 10:31 visit-install3_1_1
-rw-rw-r-- 1 claire claire  44755064 nov.   6 15:19 zoom_amd64.deb

Je ne comprends pas, pourquoi le chmod n'a pas été pris en compte ?
J'ai pourtant bien entré :

claire@Claire:~/Téléchargements$ chmod -x visit-install3_1_1

EDIT : Ok c'est bon je viens de voir que c'était +x en fait... Désolée...
Donc je recommence... :

claire@Claire:~/Téléchargements$ chmod +x visit-install3_1_3
chmod: impossible d'accéder à 'visit-install3_1_3': Aucun fichier ou dossier de ce type

claire@Claire:~/Téléchargements$ ls -l .
total 908288
-rw-rw-r-- 1 claire claire 126802136 nov.   5 13:56 rstudio-1.3.1093-amd64.deb
-rw-rw-r-- 1 claire claire    196214 nov.   6 10:46 TP_AD_1_nonsup.pdf
drwxrwxr-x 5 claire claire      4096 nov.   6 15:28 visit3_1_2.linux-x86_64
-rw-rw-r-- 1 claire claire 414047219 nov.   6 11:35 visit3_1_2.linux-x86_64-ubuntu20.tar.gz
-rw-rw-r-- 1 claire claire 344219162 nov.   6 20:05 visit3_1_3.linux-x86_64-ubuntu20.tar.gz
-rwxrwxr-x 1 claire claire     46439 nov.   6 10:31 visit-install3_1_1
-rw-rw-r-- 1 claire claire  44755064 nov.   6 15:19 zoom_amd64.deb

claire@Claire:~/Téléchargements$ sudo ./visit-install3_1_1 3.1.3 linux-x86_64 /usr/local/visit
[sudo] Mot de passe de claire : 
Could not find file containing the distribution.
(I was looking for file: visit3_1_3.linux-x86_64.tar.gz)
Bailing out...

Est-ce que l'archive est mal nomée ?

abelthorne

Le problème, c'est que tu n'as pas le bon fichier. Le script d'installation pour la version 3.1.3 s'appelle visit-install3_1_3. Le visit-install3_1_1 que tu as est le script pour la version 3.1.1.

Fais du tri dans ton dossier Téléchargements, sinon tu ne vas jamais t'y retrouver. Supprime visit3_1_2.linux-x86_64 (c'est un dossier), visit3_1_2.linux-x86_64-ubuntu20.tar.gz et visit-install3_1_1. Ensuite, télécharge le bon script. Le lien est là : https://github.com/visit-dav/visit/releases/download/v3.1.3/visit-install3_1_3

Tu auras donc dans ton dossier Téléchargements les fichiers visit-install3_1_3 et visit3_1_3.linux-x86_64-ubuntu20.tar.gz. À partir de là, tu peux refaire les commandes que j'ai données.

EDIT : tu auras probablement le même message d'erreur que dans la dernière commande parce qu'il a l'air de chercher un fichier avec un nom différent (je pense qu'on est supposé renommer le .tar.gz). Mais fais quand même les commandes que j'ai données (et uniquement celles-là) et donne-moi le retour.

croche004

D'accord, merci !
Ok, j'ai fait le tri et re lancé les commandes :

claire@Claire:~/Téléchargements$ chmod +x visit-install3_1_3

claire@Claire:~/Téléchargements$ ls -l .
total 503936
-rw-rw-r-- 1 claire claire 126802136 nov.   5 13:56 rstudio-1.3.1093-amd64.deb
-rw-rw-r-- 1 claire claire    196214 nov.   6 10:46 TP_AD_1_nonsup.pdf
-rw-rw-r-- 1 claire claire 344219162 nov.   6 20:05 visit3_1_3.linux-x86_64-ubuntu20.tar.gz
-rwxrwxr-x 1 claire claire     45789 nov.   6 21:40 visit-install3_1_3
-rw-rw-r-- 1 claire claire  44755064 nov.   6 15:19 zoom_amd64.deb

claire@Claire:~/Téléchargements$ sudo ./visit-install3_1_3 3.1.3 linux-x86_64 /usr/local/visit
Could not find file containing the distribution.
(I was looking for file: visit3_1_3.linux-x86_64.tar.gz)
Bailing out...

abelthorne

Ok, donc effectivement on est censé télécharger le fichier qui correspond à la distro et le renommer ("visit3_1_3.linux-x86_64-ubuntu20.tar.gz" en "visit3_1_3.linux-x86_64.tar.gz"). Tant qu'à faire, on va renommer le script aussi ("visit-install3_1_3" en "visit-install"), ce sera plus clair :

cd ~/Téléchargements
mv visit-install3_1_3 visit-install
mv visit3_1_3.linux-x86_64-ubuntu20.tar.gz visit3_1_3.linux-x86_64.tar.gz
sudo ./visit-install 3.1.3 linux-x86_64 /usr/local/visit

La commande #1 est inutile si tu es déjà dans le dossier Téléchargements, je la remets juste au cas où tu aies fermé le terminal.
Les commandes #2 et #3 renomment les deux fichiers, tu peux aussi le faire depuis le gestionnaire de fichiers à la place si tu préfères.
La commande #4 est donc la commande avec le nouveau nom du script. Il devrait alors trouver le .tar.gz avec le bon nom.

croche004

D'accord !
Ok ouf, un grand merci, tout a l'air de s'être bien installé !
Je l'ai ouvert à l'aide de la commande :

/usr/local/visit/bin/visit

et tout va bien !

Un grand merci à toi, encore une fois !!!

abelthorne

Je ne sais pas ce que le script fait exactement mais ça ne fonctionne pas si tu tapes juste visit dans un terminal ? Si ce n'est pas le cas, tu peux éventuellement créer un lien symbolique pour que ça le fasse, ce sera plus pratique pour le lancer :

sudo ln -s /usr/local/visit/bin/visit /usr/local/bin/visit

Et c'est une appli graphique ou qui s'utilise seulement en ligne de commande ? Dans le premier cas, ce serait possible de créer un lanceur pour qu'il apparaisse dans le menu des Applications si tu veux.

croche004

Non quand je tape visit cela ne fonctionne pas. Il y a une procédure sur le site que je ne comprends pas, donc je préfère m'abstenir :
"We also recommend adding visit to your shell’s path. For bash users this can usually be accomplished by modifying the PATH environment variable in ~/.bash_profile, and for c-shell users accomplished by modifying the path environment variable in ~/.cshrc."

C'est une appli graphique ! Cela ouvre plusieurs fenêtres :

claire@Claire:/$ /usr/local/visit/bin/visit
Running: gui3.1.3
Running: viewer3.1.3 -geometry 934x741+432+27 -borders 26,4,4,4 -shift 0,0 -preshift 4,26 -defer -host 127.0.0.1 -port 5600
Running: mdserver3.1.3 -host 127.0.0.1 -port 5601

Si tu sais me l'expliquer, je serai ravie d'avoir un lanceur depuis le menu des applications, ce serait vraiment top, merci !

J'ai rentré ta commande, mais je n'ai pas compris comment l'utiliser :

claire@Claire:/$ sudo ln -s /usr/local/visit/bin/visit /usr/local/bin/visit
[sudo] Mot de passe de claire : 
claire@Claire:/$

claire@Claire:/$ visit
python: can't open file '/usr/local/bin/frontendlauncher.py': [Errno 2] No such file or directory

claire@Claire:/$ /usr/local/bin/visit
python: can't open file '/usr/local/bin/frontendlauncher.py': [Errno 2] No such file or directory

abelthorne

Ah, c'est une appli en Python, ça va être moins simple que prévu. Donc, supprime le lien, finalement :

sudo rm /usr/local/bin/visit

On va essayer de créer un lanceur :

gedit ~/.local/share/applications/visit.desktop

Dans l'éditeur de texte, colle ce qui suit :

[Desktop Entry]
Name=Visit
Comment=Visit
Exec=/usr/local/visit/bin/visit
Path=/usr/local/visit/bin
Type=Application
Icon=applications-science.png
Categories=Science

croche004

Mon dieu, c'est bon, cela fonctionne parfaitement !
J'ai bien Visit parmis les logiciels avec une petite icone de fiole. 😃

Vraiment un énorme merci à toi.