https://doc.ubuntu-fr.org/tutoriel/changer_l_association_par_defaut_des_fichiers_avec_les_applications#problemes_connus
Pour vérifier si les dossier sont bien associés à Nautilus
xdg-mime query default inode/directory
qui devrait répondre
nautilus.desktop
Si besoin de recréer l'association
xdg-mime default nautilus.desktop inode/directory application/x-gnome-saved-search
Cela dit, le fait que ton système ne soit pas en français + ce problème d'association mimetype/application sont potentiellement des symptômes d'un problème plus large. À surveiller.
Autre remarque : l'affichage du bureau sous 18.04 et 20.04 est géré dorénavant par une extension gnome-shell ( desktopicon ) qui est une catastrophe. Avant cet affichage était directement pris en charge par Nautilus.
Donc certaines possibilités n'existent plus sur le bureau ( glisser-déposer dans certains cas, accès aux options ). Tu trouveras sans doute le « open with » en lançant d'abord Nautilus puis en navigant jusqu'à ton dossier personnel, tout en restant dans Nautilus ).
Il existe une autre extension gnome-shell pour gérer le bureau :
DiNG, à installer et utiliser à la place de
desktopicons ( qu'il faut désactiver voire désinstaller ).
