Impossible de mettre à jour certaines extensions

Ton extension Desktop icons est, comme indiqué, une "Extension du système". Elle gérée par le gestionnaire de paquets, depuis les dépôts d'Ubuntu.

Il y a deux emplacements pour les extensions: /usr/share/gnome-shell/extensions et ~/.local/share/gnome-shell/extensions. Le premier est utilisé par le gestionnaire de paquets de ta distribution, le second en "mode utilisateur". extensions.gnome.org n'a pas accès au premier.

Il te faut donc soit attendre qu'Ubuntu mette à jour Desktop icons, soit désinstaller le paquet correspondant et réinstaller l'extension depuis ego. Ne fais rien si tu ne comprends pas bien cela et/ou n'est pas spécialement intéressée par la mise à jour.