Après tu peux aussi juste les supprimer car ils ne sont pas utiles.
Perso je déteste ces dossiers par défaut qui n'ont aucun sens. Donc dans mon $HOME/.config j'ai un fichier user-dirs.dir comme ceci:
XDG_DESKTOP_DIR="$HOME/"
XDG_DOCUMENTS_DIR="$HOME/"
XDG_DOWNLOAD_DIR="$HOME/"
XDG_MUSIC_DIR="$HOME/"
XDG_PICTURES_DIR="$HOME/"
XDG_VIDEOS_DIR="$HOME/"