abelthorne a écritLes associations de logiciels sont définies dans le fichier mimeapps.list, qui peut être dans ~/.config et/ou ~/.local/share/applications (il peut y avoir les deux exemplaires du fichier présents aux deux endroits). C'est un fichier texte, tu peux l'ouvrir avec ton éditeur habituel. Cherche vlc.desktop dedans, il sera probablement associé à inode/directory qui correspond à l'ouverture des dossiers.
Merci pour ta réponse abelthorne.
J'ai trouvé 5 fichiers mimeapps.list, dont 4 sont exactement les mêmes :

Quand je les édite, aucune trace de vlc.desktop ni de inode/directory.
Fichier 1 :

Fichier 2 :