Les marque-pages et les identifiants sont enregistrés dans le profil qui est dans ~/.mozilla/firefox. C'est un dossier avec un nom de la forme xxxxxxxx.default.
Est-ce que le dossier du profil était présent sur le disque de sauvegarde et a été replacé au bon endroit ? Si c'est le cas, tu es probablement sur celui par défaut et il faut choisir le bon. Tu peux lancer Firefox de la façon suivante pour ça :
firefox --ProfileManager
Si ton dossier de profil n'a pas été sauvegardé sur le disque externe, alors c'est mal barré, à moins d'avoir un compte Firefox Sync sur lequel tu aurais synchronisé tes données...