Ne touche surtout pas aux permissions des dossiers système (/var ou autres).
Sur Ubuntu, tu as un compte utilisateur normal, qui n'a pas les permissions de gérer ce qui est en-dehors de ton dossier perso. Cependant, le premier compte créé à l'installation a le droit d'obtenir temporairement les droits admin via la commande sudo. Pour tout ce qui est utilisation normale (lancer des logiciels, etc.), tu n'as pas besoin de sudo. En revanche, pour les tâches d'administration, qui manipulent des fichiers/dossiers situés en-dehors de ton dossier perso, il le faut.
Donc, pour les commandes apt, ajoute sudo devant :
sudo apt-get clean
sudo apt-get autoclean
Ça va te demander ton mot de passe pour t'authentifier. Il faudra le taper en aveugle (c'est normal que rien ne s'affiche quand tu le tapes dans le terminal).