1 - faire une copie ou travailler sur une copie au moins partielle.
Un truc du genre
for dossier in `ls *` do; echo "$dossier";done
--> s'il liste bien tes 45 dossiers
for dossier in `ls *` do; tar cf ${dossier}.tar ${dossier};done
NB : si tu veux en plus compresser les dossier :
tar czf ${dossier}.tar.gz