Tu peux tenter ça :
ls /usr/share/applications/
Si ma mémoire est bonne c'est le bon répertoire ? Ca va te dire si les apps sont bien présente.
Si le problème vient de .desktop
$ mkdir backup_local
$ mkdir backup_gnome
$ mv .local/share/applications/*.desktop backup_local/
$ mv .gnome/apps/*.desktop backup_gnome/
N'hésite pas si tu as des questions.