Ce n'est pas le thème GNOME Shell qui gère les icônes, il concerne uniquement l'apparence des éléments du bureau (la barre en haut de l'écran, les menus, les écran du style Activités, Applications, bureaux virtuels...).
Si tu veux retrouver des dossiers oranges, c'est le thème d'icônes qu'il faut changer. Et donc, en installer un autre que Yaru, qui aurait des dossiers oranges... Il doit encore y avoir Humanity dans les dépôts, c'est le thème qui était utilisé par Ubuntu avant Yaru. Il n'est peut-être pas à jour pour GNOME, cependant, c'est possible que certains éléments n'affichent pas les bonnes icônes. Sinon, il y a des tas d'autres thèmes disponibles, que ce soit dans les dépôts ou ailleurs.
Si tu veux l'installer :
sudo apt-get install humanity-icon-theme
Ensuite, dans Tweaks, sur la même page que la sélection du thème GNOME Shell, tu devrais aussi pouvoir choisir un thème d'icônes et un thème GTK (qui sont tout les deux Yaru pour le moment).