Salutations Lecrivain !
Les commandes apt n'agissent que sur des paquets .deb, qu'ils proviennent des dépôts officiels de ta distribution, de
ppa ou d'installation manuelles.
Pour les machins installés en
snap ou en
flatpak, il faut utiliser les commandes du « cadre » correspondant :
snap install … snap remove … flatpak truc … flatpak machin … ( et bon courage avec les dénominations d'appli's sous flatpak ). OU le « logiciel-store-boutique » depuis lequel ces machins ont été installés,
en s'assurant bien qu'on vise l'installation snap ou flatpak du logiciel concerné et non la version .deb qu'on veut potentiellement conserver puisque c'est celle qui fonctionnera le mieux.
Pour les AppImage, il faut supprimer le paquet téléchargé : d'où l'intérêt de ranger tous ses AppImage dans un dossier bien défini.
Tout cela dit, les bugs ça existe, et tu n'es semble-t-il pas le premier à qui ça arrive :
https://forum.ubuntu-fr.org/viewtopic.php?id=2060979 perso je suspecte un couac au niveau de l'indicateur ( icône en zone de notification ) de VLC dans le cas
snap + environnement
ubuntu-gnome-shell ( pure spéculation de ma part ).