Je ne saurais pas te dire, d'autant que je ne sais pas du tout comment utiliser la palette "Auto" (elle ne contient aucune couleur quoi que je fasse).
Pour utiliser une palette personnalisée, il faut la créer au format .gpl (ça fonctionne aussi pour GIMP) et la placer dans le dossier palettes de la config d'Inkscape. Sur une installation d'Inkscape en deb, il se trouve à ~/.config/inkscape/palettes. Sur d'autres formats du style snap/flatpak, il faut trouver le dossier de config (en snap, les paramètres sont dans ~/snap et en flatpak dans ~/.var/app).
Le format .gpl est un fichier texte structuré comme tel :
GIMP Palette
Name: palette-perso
Columns: 3
#
0 0 0 Black
255 255 255 White
Chaque ligne après le dièse contient les valeurs RGB (sur 0-255) et le nom de la couleur.
Normalement, tu peux enregistrer une palette personnalisée depuis Inkscape, en créant un doc avec des formes aux couleurs voulues puis en l'enregistrant en choisissant le format .gpl plutôt que .svg. Mais tu ne peux pas l'enregistrer directement dans le dossier palettes, il faut déplacer le fichier manuellement dedans en-dehors d'Inkscape.