Oui non non, mais normalement Emesene à le support en natif, Gnome-System-Manager aussi si je me souviens bien, et j'ai installé le patch pour Rythmbox (et j'ai bien pensé à l'activer, en vérifiant bien si ça plantait quand j'essayais d'activer la visualisation ^^) !
Pourtant, aucunes d'elle n'est transparente.
Et effectivement, Compiz ne veut plus fonctionner après avoir activer le compositing de Metacity. J'ai tenté de le lancer en console, ça se lance mais ça me dit quelque chose comme quoi il n'a pas trouvé d'écran pour compositer.
EDIT : voilà, j'ai l'erreur complète obtenue au lancement de Compiz :
/usr/bin/compiz.real (core) - Error: Could not acquire compositing manager selection on screen 0 display ":0.0"
/usr/bin/compiz.real (core) - Fatal: No manageable screens found on display :0.0
RE-EDIT : ça m'a rappelé quelque chose... j'avais déjà eu ce problème (à l'époque ou je me lançais dans la transparence d'ailleurs : et à l'époque, ça marchait très bien... qu'est-ce qui a changé depuis, dieu le sait : j'ai les mêmes thèmes qui supportaient la transparence, les mêmes applications). Sur les forum de CompizFusion, on m'avait revélé que c'était Compiz et le compositing manager de Gnome qui pouvaient pas tourner ensemble : j'avais donc désactivé celui de Gnome à l'aide du script compiz-check. Mais la transparence des applications n'avait pas disparu pour autant.
Et encore un Edit : tiens, au passage je me rend compte que la transparence des faces supérieures et inférieures du cube ne fonctionnent plus non plus avec Compiz Fusion... curieux hé ?