Changer de système de fichier = formater, donc le choix se fait durant l'installation ou avant celle-ci.
La seule exception concerne Ext où l'on peut passer de Ext2 à Ext3 et très bientôt de Ext3 à Ext4 sans formater (et donc perdre ses données).
Pour un comparatif entre les divers systèmes de fichier voir
ce sujet et
celui-ci par exemple.
Pour ceux qui n'ont pas envie de tout lire, voici une partie des conclusions :
Xfs est un très bon système de fichier, ses seuls défauts concerne sa documentation pas très conséquente, à fortiori en français, et sa stabilité parfois douteuse en cas d'arrêt sauvage des disques.
Ext3 n'est finalement pas si mauvais, il est même plutôt bon, voire très bon. Il bénéficie d'une très bonne documentation, il est très stable et peut être adapté à ses besoins de façon efficace (man tune2fs).
Ce n'est pas un hasard si c'est le système de fichier par défaut de la plupart des distributions. De plus, Ext4 sera très bientôt disponible.