La version 6 de java peut très bien être installée et Geogebra ne pas fonctionner.
Il peut y avoir plusieurs versions de java qui cohabitent sur une même installation (comme il peut y avoir plusieurs éditeurs système) la commande
java lance celle qui est prise par défaut.
Pour savoir les versions de java qui sont installées sur ton système il suffit de taper la commande
sudo update-java-alternatives -l
Puis, en fonction des versions de java installée sélectionner une qui va bien.
sudo update-java-alternatives -s java-6-openjdk
Par exemple pour activer cette version de java. (elle marche bien sous Debian pour lancer Geogebra). La version sun-java marche bien aussi.