J'ai rencontré un pb de place sur mon disk root Wubi lors de l'upgrade en Ubuntu 12.04 LTS et j'ai résolu mon pb grâce à ce script qui m'a permis de le passer de 5 à 10 Go :
https://github.com/bcbc/Wubi-resize
Principe : le script créé un nouveau disk virtuel de plus grande taille (que vous indiquez) puis copie le contenu de la partition actuelle sur la nouvelle.
Procédure à suivre :
1. télécharger le script
2. Dans Ubuntu : l'exécuter dans un terminal en précisant la taille souhaitée pour la nouvelle partition
3. Ensuite il y a quelques messages d'info/erreur sans conséquence puis ... la copie s'effectue
4. Passez sous Windows puis renommer l'ancien disk root (afin de libérer le nom) puis renommé la copie en root
5. re-démarrer Ubuntu
6. si ok : vous pouvez supprimer l'ancien disk virtuel dans Windows
6. si pas ok : vous pouvez restaurer votre ancien disk virtuel dans Windows (simple renommage).