J'avais le problème pour maple tantôt, mais je viens de trouver la solution, en suivant cette page :
http://obvcode.blogspot.com/2008/06/arch-linux-altgr-not-working-in-java.html
Cependant tout n'est pas nécessaire dans sa méthode, j'ai juste changé dans le fichier de configuration /etc/scim/global
/SupportedUnicodeLocales = en_US.UTF-8
en
/SupportedUnicodeLocales = fr_FR.UTF-8
Et ensuite, j'ai fait terminer tous les processus de scim, et je l'ai redémarré avec scim -d
(Et ça remarche sur geogebra aussi, ça résout le problème globalement pour les applications java)