Bingo!
Après suppression, puis réinstallation de Mplayer et MEncoder, installation de ffmpeg, c'est presque tout bon. (en fait, j'avais pas mal testé des versions ppa pour tenter d'avoir la TNT en HD avec le son, ce qui m'avait semble-t'il foutu le bazar)
Conversion-création du nouveau fichier mkv quasi instantanée (que 400 Mio, mais quand même...)
Seul (petit) souci: ça reste bloqué sur "Ouverture de SampleTest.mkv".
Ci-dessous la fin du debug:
RECAPITULATIF DES VARIABLES :
menage_tmp : False
Valeur de l'encapsulage : True
Valeur de l'encapsulage total : False
Valeur de la conversion AC3 : True
AFFICHAGE DE LA VARIABLE tree_complet
gtk-yes|video-x-generic|1|mpeg4_p10_video|V_MPEG4/ISO/AVC|1280x720
gtk-yes|audio-x-generic|2|Inconnu|A_DTS|eng
aid sans grep : MPlayer SVN-r1.0~rc3+svn20090426-4.4.3 (C) 2000-2009 MPlayer Team
En fait une autre curisosité: il y a deux pistes vidéo dans le fichier créé: la piste H264 d'origine, et une autre que ni TOTEM ,ni VLC n'arrivent à lire (codec: NoFR pour VLC, FourCC pour TOTEM et Mplayer):
~/Temp$ mplayer "MEG_SampleTest.mkv"
MPlayer SVN-r1.0~rc3+svn20090426-4.4.3 (C) 2000-2009 MPlayer Team
mplayer: could not connect to socket
mplayer: No such file or directory
Failed to open LIRC support. You will not be able to use your remote control.
Playing MEG_SampleTest.mkv.
[mkv] Track ID 1: video (V_MPEG4/ISO/AVC), -vid 0
[mkv] Track ID 2: video (V_MS/VFW/FOURCC), -vid 1
[mkv] Track ID 3: audio (A_AC3), -aid 0, -alang und
[mkv] Will play video track 1.
