tu peux probablement modifier les
droits des fichiers exécutables.
Exemple pour gimp. tu trouves le fichier executable avec
which gimp
/usr/bin/gimp
Normalement tout le monde a le droit de l'executer:
ls -l /usr/bin/gimp
lrwxrwxrwx 1 root root 8 2009-04-17 16:38 /usr/bin/gimp -> gimp-2.6
tu peux changer le groupe auquel appartient le fichier et seuls ceux appartenant à ce groupe pourront l'utiliser.
voir
http://doc.ubuntu-fr.org/permissions