Un collègue m'a suggéré de réinstaller, ça faisait plusieurs fois que je migrais et c'est vrai que ma config s'éloignait de celle des testeurs. J'ai donc tout repartitionné, reformaté, réinstallé, propre.
Ça avait l'air plus stable. Puis j'ai configuré mon touchpad à la main :
$ sudo gedit /etc/hal/fdi/policy/preferences.fdi
<device>
<match key="input.x11_driver" string="synaptics">
<merge key="input.x11_options.SHMConfig" type="string">True</merge>
<merge key="input.x11_options.MinSpeed" type="string">0.8</merge>
<merge key="input.x11_options.MaxSpeed" type="string">0.8</merge>
</match>
</device>
... et dans la même journée j'ai eu à nouveau le même plantage : le système totalement bloqué sauf la souris (touchpad).
J'ai donc retiré la configuration de synaptics dans preferences.fdi. Et pour le moment ça a l'air d'être stable. J'ai donc peut-être trouvé comment contourner le bug : pas de config manuelle du touchpad. Dommage car le réglage avec juste l'interface de paramétrage sous gnome fait que la souris est un chouilla trop lente.