essaye de lancer htop en console ; au besoin pour l'installer :
sudo apt-get install htop
quand tu l'as lancé, appuye au besoin sur F6 pour qu'il liste les processus par consommation de ressources CPU (tu vérifies que CPU est sélectionné, puis ENTER). Qu'est-ce qu'il indique au début de la liste?
edit : je n'avais pas lu que tu avais essayé top déjà... encore que tu n'as rien à perdre d'essayer htop, et il est plus maniable que top (tu peux utiliser la souris par exemple, et il est plus facile de tuer un processus de la sorte)
Sinon, tu devrais aussi regarder au niveau des processus d'indexation ; peut-être as-tu installé
beagle ou autre pour rechercher tes fichiers? ou un logiciel multimédia qui scanne tes disques au démarrage pour mettre à jour ta bibliothèque de musique/films... tant qu'à faire aussi, vérifie la bonne santé de ton/tes disque(s) dur(s), avec les indices
SMART
le talon d'Achille de ta config, c'est le disque dur poussif à 5400tours/min ; si quelque chose le monopolise, toute ta machine va l'attendre, c'est probablement ce qui se passe si tu ne vois pas de processus à 100% de CPU...