Je rencontre le même problème (je suis sur Maverick) avec plusieurs logiciels, dont gmuscibrowser (même dans la version à jour du shimmer/ppa). J'ai testé un truc et remplacé l'icône par une autre trouvée dans le jeux Faenza blue dark. Et le tour transparent est encore là. A noter que lorsqu'une nouvelle icône arrive, il arrive que la vilaine transparence disparaît. C'est ce qui est arrivé pour l'icône de aMule sur la capture suivante :
http://pix.toile-libre.org/?img=1297423773.png
A gauche de l'icône aMule se trouve l'icône qui remplace celle de gmusicbrowser. On voit le pourtour transparent. Ce n'est donc pas l'icône le problème (puisque je l'ai changée), mais comment elle s'intègre. Je ne pense pas être suffisamment clair, mais je ne sais comment dire mieux.
J'ai testé encore un truc supplémentaire. J'ai ouvert cette icône dans Gimp, et ai pu constater qu'il y avait un pourtour transparent. Je l'ai rempli avec la couleur du tableau de bord. Voici le résultat :
http://pix.toile-libre.org/?img=1297423773.png
En passant, en effet pour VLC c'est réglé.
Et puis il me semble que ça va de pair avec l'évolution du tableau de bord depuis Lucid qui est devenu impossible à mettre en transparence. Dommage.