pour ceux que ça intéresse, j'ai trouvé un début de piste, même si ça ne me satisfait pas entièrement :
http://manpages.ubuntu.com/manpages/karmic/fr/man1/ionice.1.html
donc par exemple
ionice -c3 updatedb
dans le crontab
guigolum@guigolum-laptop:~$ cat /sbin/maj
#!/bin/bash
ionice -c3 apt-get update -qq \
&& ionice -c3 apt-get dist-upgrade -y -u\
&& ionice -c3 apt-get autoremove
ça a l'air de marcher…