étant donné que je cherchais la réponse et qu'elle n'a jamais été donnée, je me permet de fournir la solution que j'ai pu trouver en fouillant dans les fichiers de conf de kde:
le fichier de conf à modifier :
.kde4/share/config/ksmserverrc
la variable à modifier :
confirmLogout=false
ça ne permet pas de régler le compte à rebours, mais ça supprime complètement la fenêtre de confirmation. ça peut être une solution pour certain en attendant de pouvoir changer le compte à rebours dans les paramètres de KDE...