Normal, je me suis fait avoir aussi, la vieille habitude de grub1 (que je préférais d'ailleurs, enfin ça doit être une question d'habitude). Et j'avais voulu rétablir le boot de ma gentoo en changeant /boot/grub/menu.lst...
Tu met les nouveaux systèmes dans /etc/grub.d/40_custom, un truc de ce style :
menuentry "Gentoo" {
set root=(hd0,1)
linux /boot/kernel
}