Salut,
L'interface matlab est en java.
Parfois, le java a de la peine avec les effets 3d de compiz.
Essaie de désactiver l'effet 3d (menu system, préférences, apparence, et onglet effets visuels).
Il y a une autre méthode qui permet de garder les effets visuels 3d mais je m'en rappel plus.
Essaie déjà ca pour voir si c'est ce même problème.