J'avais un problème similaire en sortant d'un jeu (freespace), pouff, clavierqwerty !
je ne l'ai pas résolu, mais contourné en mettant un lanceur dans mon panneau avec
setxkbmap fr
un clic et c'est réglé, plus besoin d'aller chercher dans les menus.
Dans votre cas vous pouvez essayer de l'ajouter aux applications au démarrage (non testé)
