Je me réponds :
1) créer un fichier texte avec :
#! /bin/bash
xinput set-prop 'DualPoint Stick' "Evdev Wheel Emulation" 1
xinput set-prop 'DualPoint Stick' "Evdev Wheel Emulation Button" 2
xinput set-prop 'DualPoint Stick' "Evdev Wheel Emulation Timeout" 200
en remplaçant le nom du trackpoint par le bon, que l'on trouve par :
xinput list
2) ne pas bien sûr oublier de rendre ce script exécutable (je dis ça parce que bien sûr j'avais oublié...)
3) placer le script dans ~/.kde/Autostart (ou autre pour gnome)