Je viens juste de voir vos problèmes :
Est-ce un nouvel ipod, ou il a déjà été utilisé avec itunes ?
Dans le second cas :
Connecter l'ipod et attendre qu'il soit reconnu et monté par nautilus
ouvrir gtkpod manager
Edition --> Repository/ipod options
Add new ...
Remplir point de montage et modèle (les autres ne sont utiles que si vous voulez utiliser ces fonctions)
Valider
Dans l'onglet liste de lecture, choisir le nom du repository qu'on a créé et cliquer sur Charger l'ipod.
Attendre quelques seconde et une liste de tous les morceaux disponibles sur l'ipod apparait.
Ne pas oublier de cliquer sur Enregistrer pour que les modifications soient appliquées.
Dans le premier, il faut au préalable formater l'ipod.
Après avoir créer le repository, il faut cliquer Music --> Créer les répertoires système de l'ipod.
Il existe bien cette page, mais la doc est un peu "faible"
http://doc.ubuntu-fr.org/gtkpod