Salut !
ça fait plaisir de trouver des économètres/statisticiens par ici.
Je suis diplômé ingénieur ENSAE (voie stats) et je fais à présent une thèse qui porte entre autres sur des questions relatives à l'économétrie (notamment économétrie structurelle et économétrie non-paramétrique).
En ce qui concerne le sujet, R est définitivement le logiciel dans lequel il faut investir massivement. A l'ENSAE, ils enseignent beaucoup en SAS (car SAS est utilisé par tout l'INSEE et a l'avantage de bien traiter les grosses bases de données car il ne les charge pas en mémoire vive) mais R est enseigné en parallèle (notamment pour tout ce qui concerne les cours avancés en 3A ou en stats).
Dans le milieu académique, le logiciel dominant est STATA car beaucoup de routines sont pré-programmées, le logiciel est très simple d'utilisation et très efficace. Il est très répandu aux US. J'entends de moins en moins de personnes utiliser Eviews. R a des modules en séries temporelles ultra-performants (bayésien notamment) qui font exploser sur place Eviews; et R est libre. Il est d'ailleurs de plus en plus utilisé dans les banques (j'ai des potes qui bossent dessus). RATS bof bof. Gretl reste destiné à un usage "public non-averti".
Par ailleurs, deux anciens ENSAE ont crée une toolbox d'économétrie pour Scilab qui s'appelle Grocer. On m'en a dit du bien mais je n'ai jamais testé.
Pour un économètre accompli, disons que le must est de maîtriser un logiciel de stats (R) avec en parallèle un logiciel puissant en calcul matriciel (Matlab-Octave, Fortran étant maintenant trop vieillot - mais de nombreux routines existent dessus et il a l'avantage de ne pas être interprété ; Gauss est utilisé par certains). L'avantage de Matlab est qu'il possède une très belle toolbox d'économétrie et surtout des routines d'optimisation bien pratiques quand on fait de l'EMV.
Si j'ai un peu de temps, il faudrait que je me mette à Python qui paraît-il est de plus en plus utilisé en stats.
En ce qui concerne les interfaces, je vous arrête tout de suite : oubliez Rkward, Rstudio et autres Eclipse (que j'ai utilisé longtemps cependant). Le must indétrônable est sans aucun doute le module ESS d'Emacs (Emacs Speak Statistics). J'ai mis une semaine à me mettre à Emacs et maintenant impossible de m'en passer. Le gros avantage d'Emacs est qu'il gère une floppée de langages, dont Latex (avec Auctex), les logiciels de stats (avec ESS), Matlab et Octave (avec emacs-octave et emacs-matlab) et bien d'autres encore (dont C++, Python, etc.). Donc vous avez un seul éditeur pour TOUT faire, et ça c'est de la bombe.
Sous ubuntu, il est d'une très grande facilité d'installation (les modules sont des paquets déjà intégrés dans les dépôts). Il possède vraiment des atouts énormes (quand on sait utiliser correctement Auctex avec notamment reftex, taper un rapport devient super simple) mais il a un coût d'entrée (apprentissage des combinaisons clavier).
En ce qui concerne les bouquins, pour R il y a une excellente série "Learn R", notamment le "Applied Econometrics with R". Il peut être trouvé sur library.nu
Pour les débutants, "R pour les sociologues" d'Emmanuel Paradis est très bien
Sinon pour les grands débutants je conseille chaudement "R pour les sociologues" un excellent ouvrage (libre) de Julien Garnier sur la question :
http://alea.fr.eu.org/pages/intro-R
Les fiches de TD du logiciel R de l'université de Lyon sont excellentes (j'ai appris Sweave avec notamment, ou comment intégrer du tex dans son code R !)
http://pbil.univ-lyon1.fr/R/enseignement.html
Sinon pas mal de bonnes ressources internet :
http://addictedtor.free.fr/graphiques/
http://www.r-bloggers.com/
Pour Matlab, "Computational Statistics with Matlab" est la bible dans le sujet (library.nu doit l'avoir quelque part). j'ai trouvé récemment un document très utile qui détaille les manipulations matricielles avancées sous Matlab, notamment dans l'optique de remplacer les boucles par des fonctions sur les matrices (gros gain de temps). Il se trouve ici :
http://home.online.no/~pjacklam/matlab/doc/mtt/
Voilà, je suis ravi de discuter de cela ici avec des gars du libre et d'ubuntu. Si je peux être utile, n'hésitez pas !