Sur Syno, /opt est juste un montage 'bind' de ton optware, regarde :
$ mount
/dev/root on / type ext4 (rw,relatime,barrier=0,journal_checksum,data=ordered)
(...)
/dev/vg1/volume_1 on /volume1 type ext4 (usrjquota=aquota.user,grpjquota=aquota.group,jqfmt=vfsv0,synoacl)
(...)
/volume1/@optware on /opt type bind (bind)
(...)
Si ça se trouve c'est toujours là, c'est juste le montage qui n'y est plus.
Aussi, si tu utilises de l'USB (le répertoire ci-dessus), j'espère que tu n'as pas installé les optwares sur l'USB, comme c'est démontable, ça peut expliquer qu'il le "perde".
P.S.: bien sûr, chez moi j'ai mis ça dans volume1, si tu as mis ailleurs, le montage suivra
