Salut !
Même problème pour moi !
En effet la version windows marche très bien avec wine mais je ne sais pas comment la mettre en français.
En revanche, la version "nightly build" avec installeur linux disponible sur le site
http://avogadro.openmolecules.net/nightly/linux/ fonctionne très bien et s'installe dans la langue que vous voulez (ou presque) de deux manières suivant le mode de lancement du script :
sudo ./(nom du script) => installation dans /usr/... par défaut
./(nom du script) => installation dans le dossier /home de l'utilisateur par défaut
Et vraiment, ce logiciel est super !
Vivement la correction de bug qu'on puisse le réinstaller depuis les dépôts !
À plus et bonne continuation avec Avogadro