tu peux ajouter une exception :
1 -
sudo apt-get install dconf-tools
2- Alt+ F2 et ensuite tu lances : dconf-editor
3- tu vas dans : Desktop->Unity->panel :
4 - dans Systray-whitelist: tu ajoutes, le nom de ton application et tu valides avec "Entree"
exemple : ['JavaEmbeddedFrame', 'Mumble', 'Wine', 'Skype', 'hp-systray',
'wicd']
5- deconnectes-toi et reviens. voila ton appli se minimise dans la zone de notification