Le syno n'est pas fait pour partager tout son disque.
Si tu veux avoir un (ou des) dossiers partagés sur le syno, il suffit d'activer le service de fichier windows (ça doit être fait puisque tu y a accès sur windows) et de créer des dossiers partagés dans le menu du même nom. Enfin chez moi ça a suffit...
Et sinon oui les partages windows sont accessibles par Samba. Par contre Samba fonctionne très bien, et il n'y a rien de plus à faire sur le serveur pour que ça fonctionne avec un client samba par rapport à un partage windows normal. Mais Samba est installé par défaut sur Ubuntu maintenant normalement...
Si ça t'intéresse, j'ai fait quelques articles sur mon syno sur mon blog :
http://pellelatarte.fr/category/nas/