C'est bon j'ai trouvé!
gnome-shell crash parce qu'il ne trouve pas le fichier applications.menu, le paquet installe un fichier gnome-applications.menu dans /etc/xdg/menus/.
il suffit de faire un lien symbolique /etc/xdg/menus/applications.menu vers /etc/xdg/menus/gnome-applications.menu
et tout roule!
trouvé sur sur le bugzilla de Gentoo:
http://bugs.gentoo.org/show_bug.cgi?id=363061