Pas de souci chez moi avec Gnome+Beryl+Emerald, à condition de définir manuellement la largeur et la hauteur (en pixels, pas en pourcentages) et de désactiver animated pulldown (je pense que les deux animations cumulés ne doivent pas aider).
Petite astude : J'ai reglé la transparence de tilda à 0, et dans Beryl Settings, plugin "State", section "Opacité des fenêtres", j'ai ajouté l'entrée "t:tilda:65", du coup on a une vraie transparence 🙂