En bas de la page Avidemux, il y a plusieurs liens vers des tutoriels pour apprendre à utiliser le logiciel.
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http://www.framasoft.net/article4883.html (PDF)
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http://vimeo.com/11145033 (Vidéo)
Par contre concernant la technique pour comprendre ce qu'est l'encodage, les codecs, la résolution, encodage 1/2 passes, le bitrate, etc. c'est un peu léger.
Pour ton cas et si c'est juste pour les lire sur ton pc, choisis le codec vidéo x264 en 2 passes, le codec audio ogg vorbis ou aac et le conteneur mkv.
Si c'est pour les lire sur un autre support comme une platine DVD, lecteur Divx ou autre, le choix sera complètement différent.
Ensuite, modifie la résolution de ta vidéo avec les filtres pour obtenir ce que tu désires.
Sache que le taille du fichier final dépend du bitrate de ta vidéo, plus le bitrate est gros plus le fichier sera gros.
La qualité de ta vidéo dépend du bitrate et de la résolution, ça se calcule grâce au "bits per pixel" dispo dans l'outil "calculatrice" de Avidemux.
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http://fr.lprod.org/wiki/doku.php/video:avidemux:tuto2#ouvrir_l_outil_calculator
T'as un outil assez pratique (en anglais) pour faire tous ces calculs rapidement, en chosissant la taille finale de la vidéo, la résolution et la durée de la vidéo :
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http://www.silverjuke.net/forum/topic-213.html
Personnellement, si tu te bases sur un "bits per pixels" supérieur à 0.17, je trouve que le résultat est amplement suffisant avec le codec x264.
Si tu choisis le codec xvid, base toi sur un "bits per pixel" supérieur à 0.20 pour arriver à peu près au même résultat.