Gnome 3 avec Gnome-shell doit utiliser au total 3 thèmes.
Un thème GTK3+ qui est sauvegardé dans /usr/share/themes
Un thème Metacity, sauvegardé au même endroit.
Ces deux thèmes étant modifiables par gnome-tweak-tool
L'arborescence de ces fichiers est la suivante:
http://pastebin.com/6mTEZYt3
Et un thème gnome-shell, qui doit être soit enregistré directement dans /usr/share/gnome-shell/theme, et dans ce cas, le seul moyen de changer est d'écraser l'ancien thème.
Voici la construction de ce dossier:
http://pastebin.com/xhWWgSH1
Soit il faut utiliser l'extension user-theme, qui utilisera des thèmes placés dans ~/.themes/
Voici l'architecture de ces dossiers:
http://pastebin.com/FRvsUM0K