Je reviens car j'ai trouvé :
il faut éditer le fichier mimeapps.list:
$ gedit .local/share/applications/mimeapps.list
puis dans la rubrique [Added Associations] si vous avez comme moi par exemple :
inode/directory=vlc.desktop;easytag.desktop;totem.desktop;
remplacez par
inode/directory=nautilus-folder-handler.desktop
Enregistrez et c'est fini : pas besoin de redémarrer...