shred est une commande qui exécute ce que tu souhaite.
C'est en ligne de commande
shred -u <fichier>
Par défaut, ça écrit trois fois des données aléatoires sur le fichier, puis ça l'efface (opition -u).
Il y a d'autres options, man shred pour plus de détails.
Si c'est trop difficile pour toi à utiliser, installe bleachbit. L'option
fichiers déchiquetés du menu fait la même chose, mais c'est moins direct.
Il y a aussi la possibilité de vider de nombreux caches.