Si jamais vous avez abîmé le secteur de boot d'une partition (en installant malencontreusement GRUB dedans par exemple), vous risquez de ne plus pouvoir démarrer le système qu'elle contient (Windows par exemple).
Voici comment le réparer:

1) Démarrer Ubuntu (ça marche aussi en live-CD)
2) Activer le dépôt Universe si besoin. Installer Testdisk et le lancer, en saisissant dans un terminal la commande suivante: 
sudo apt-get install -y testdisk && sudo testdisk
3) Avec les flèches et la touche Entrée, aller dans le menu [No log],
4) puis sélectionner le disque où se trouve la partition à réparer,
5) puis [Proceed],
6) puis choisir le type de partition (généralement [Intel]),
7) puis [Advanced],
8) puis sélectionner la partition à réparer avec [Boot], ça va afficher quelquechose comme ceci: 
Boot sector
Status: Bad

Backup boot sector
Status: OK

Sectors are not identical.

A valid NTFS Boot sector must be present in order to access
any data; even if the partition is not bootable.

[  List  ]  [Backup BS]  [Rebuild BS]  [  Dump  ]
9) Vérifier que vous avez bien "Status ok" en-dessous de "Backup boot sector"
10) et enfin sélectionnez [Backup BS].

Voilà. Il ne vous reste plus qu'à réinstaller GRUB dans le MBR du disque, via la "Réparation recommandée" de Boot-Repair par exemple.
Et pour info, voici un extrait de rapport Boot-Info qui montre un exemple où GRUB a été installé par erreur dans le bootsector de la partition XP:
sdb1: __________________________________________________________________________

    File system:       ntfs
    Boot sector type:  Grub2 (v1.99)
    Boot sector info:   Grub2 (v1.99) is installed in the boot sector of sdb1 
                       and looks at sector 108395296 of the same hard drive 
                       for core.img. core.img is at this location and looks 
                       for  on this drive. No errors found in the Boot 
                       Parameter Block.
    Operating System:  Windows XP
    Boot files:        /boot.ini /BOOT.INI /ntldr /NTLDR /NTDETECT.COM 
                       /ntdetect.com
5 ans plus tard
Disk /dev/sda - 1000 GB / 931 GiB - CHS 121601 255 63
     Partition                  Start        End    Size in sectors
 1 * HPFS - NTFS              0   1  1 12747 254 63  204796557 [winXP_PRO]

Boot sector
Status: OK

Backup boot sector
Status: OK

Sectors are not identical.

A valid NTFS Boot sector must be present in order to access
any data; even if the partition is not bootable.
Mon code est légèrement différent. En fait mon grub fonctionne mais la ligne windowsXP retourne sur le menu grub.(suite à un clic sur 'mettre à jour les logiciels' de kubuntu)
Et bootup sector affiche le status "OK".

Comme je ne voudrais pas planter mon grub qui marche actuellement pour kubuntu, j'hésite à lancer "Backup BS"

Mais j'ai bien la ligne "Sectors are not identical."

Est ce que je dois tenter "Backup BS"?
un mois plus tard