Quelques éléments de réflexion :
Ce besoin de recopie (ou transfert) des fichiers d'amorçage de Windows tient à une assez récente inclinaison des fabricants de PC d'utiliser deux ou trois partitions à des fins de maintenance, et même, je pense, de télémaintenance, qui visent (devrais-je dire essentiellement ?) à baisser le coût des diagnostiques et des interventions dans le cadre de la garantie, le déplacement de techniciens chez les utilisateurs n'ayant d'autre but que le remplacement d'une composant prédéfini lors de télédiagnostiques ou l'enlèvement du PC pour retour en atelier.
Je n'ai vu apparaître cette nouvelle organisation qu'avec Vista. Pour les systèmes antérieurs, jusqu'à Millenium, la question, à mon avis, ne se pose pas : les fichiers qui servent à l'amorçage d'une partition y sont systématiquement installés.
Je ne pense pas non plus que cette nouvelle organisation des fichiers résulte d'un design particulier de la part de Microsoft. En effet, je ne vois pas quel intérêt Microsoft aurait de compliquer la vie d'un utilisateur désireux d'assembler lui-même son PC et d'y installer un système Windows. Il doit pouvoir le faire sur un disque ne contenant qu'une seule partition.
De cela, je déduis que si les conditions suivantes sont réalisées
le Master Boot Record contient le programme initial d'amorçage de Microsoft, la phase 1 de l'amorçage
le Partition Boot Sector contient le programme d'amorçage spécifique au système en question, la phase 2 de l'amorçage
la partition à amorcer contient tous les fichiers nécessaires à l'initialisation du système
alors le système démarre correctement.
Dans le cas qui nous préoccupe
le Master Boot Record est réparé par boot-repair
le Partition Boot Sector n'a pas lieu d'avoir été modifié
les fichiers nécessaires installés par le fabricant dans une autre partition ont été recopiés
alors il n'y a plus aucune raison pour que l'amorçage du système échoue.
Je réalise à l'instant, tout en écrivant, que l'échec de l'amorçage peut survenir si le fichier pagefile.sys (l'équivalent de swap) n'est pas présent sur la partition système. On sait en effet qu'en cas de présence dans une même configuration de plusieurs systèmes Windows, ce fichier peut être partagé. Mais cette opération nécessite l'exécution de commandes "expertes", dont on voit mal pourquoi le fabricant se donnerait la peine de les réaliser. Si cependant cette situation se présentait, cela nous poserait un réel problème, car la simple recopie du fichier vers la partition système cible ne suffirait pas. Il faudrait aussi exécuter les commandes "expertes" réciproques, pour informer le système du déplacement de ce fichier.
Pour la question du déplacement ou de la recopie des fichiers, je pense qu'il s'agit d'un faux problème, car une fois les fichiers recopiés sur la partition Windows, et le drapeau remis en place, l'utilisateur ne va pas tarder à récupérer cette ou ces partitions de maintenance pour d'autres usages. Personnellement, j'ai fusionné les deux partitions de maintenance que Dell avait eu la délicatesse de mettre en place (mon OS Windows est en /dev/sda3) pour en faire une partition de données.
Pour la question relative à l'endommagement du bootsector de la partition Windows, la réponse me paraît claire ; que ce soit en FAT ou en NTFS, ce secteur contient la phase 2 (une partie de la phase 2) de l'amorçage. Si il est endommagé, l'amorçage ne pourra pas se faire.
Pour finir, je ne suis pas un expert de Windows. Mes suppositions ou déductions peuvent être erronées. Surtout que personne ne se gêne pour faire connaître des cas qui les contrediraient, comme le demande Yann.
