Ce sont effectivement ces deux fichiers là (enfin surtout root.disk, l'autre n'est pas trop utile) qui contiennent les données que tu as pu y mettre.
Jamais essayé quand j'étais en Wubi, mais tu peux probablement le monter en "loop" pour lire ce qu'il y a dessus.
La manipulation consiste à démarrer sur ton CD contenant Ubuntu 10.04 qui t'a servi à installer, trouver l'équivalent de la partition C:, la monter (ça se fait simplement à la souris en cliquant desssus depuis Nautilus, l'explorateur de fichiers).
Et ensuite
mkdir /tmp/loop
sudo mount -o loop /media/VolumeC/ubuntu/root.disk /tmp/loop
Bien sûr, dans la deuxième commande tu remplaces le chemin par le nom de ton volume exact et le chemin exact pour aller jusqu'à root.disk. Tu peux t'aider pas l'auto-completion, en tapant les premières lettre puis TAB.
Ensuite tu devrais voir, avec le gestionnaire de fichier, tout ce qui se trouve dans ton "root.disk", monté sous /tmp/loop, et pouvoir le sauvegarder ailleurs.
Cela dit, ce n'est pas une bonne idée de mettre des trucs sur le disque Wubi parce que tu cumules les file systems. Si tu as des données personnelles à sauvegarder et que tu es en Wubi, mets les directement sur ta partition NTFS, ça évitera l'empilement des file system : ça ira plus vite, et tu auras moins de mal à retrouver les données si le root.disk est détérioré.