bonami2,
Il est possible techniquement d'installer Ubuntu par Wubi sur un disque externe, dans une partition NTFS ou FAT32. Mais c'est peu employé à ma connaissance parce que ce n'est pas intéressant. Ce qu'on fait quand on a un disque dur externe et qu'on souhaite y installer Ubuntu, c'est une installation classique, sur partitions Linux suivant cette doc :
http://doc.ubuntu-fr.org/tutoriel/comment_faire_multiboot_propre_2_dd
Le petit croquis que tu vois au début de cette doc montre bien l'intérêt de ce type d'installation : le disque dur externe est autonome et si le disque dur interne tombe en panne, il est possible de démarrer sur le disque dur externe et Ubuntu peut fonctionner. C'est justement ce que ne peut pas faire une installation qui serait faite par Wubi sur le disque dur externe : elle dépend de Windows donc si le disque interne est en panne, on n'a plus aucun OS disponible (pas de Windows, pas de Ubuntu).
Edit : il existe aussi cette doc plus spécialement adaptée à l'installation sur un disque dur externe :
http://doc.ubuntu-fr.org/tutoriel/installation_sur_disque_usb
A ma connaissance, les préconisations qui sont données dans cette dernière doc ne contre-disent pas celles de la première doc que j'ai indiquée. Disons que la première doc, c'est le cas général à deux disques durs pour mettre en évidence l'intérêt d'avoir un OS dans chaque disque et la deuxième, le cas particulier où le deuxième disque est externe.