Moi je n'ai jamais vérifié si c'est vrai mais je trouve ça dans la doc Wubi :
http://doc.ubuntu-fr.org/wubi#problemes_de_chargementpartitions_chiffrees_cryptees
Donc tu ne peux pas installer par Wubi si ton Windows est installé sur une partition chiffrée. Ce qui compte, ce n'est pas la partition dans laquelle tu installes Ubuntu mais la partition Windows (je précise ceci en réponse à ton idée d'installer Ubuntu sur un disque externe). Donc c'est non, non et non.