Bizarre : je n'ai vraiment pas accès à l'overlay, j'ai vérifié dans les propriétés du jeu si tout était bien coché et tout a l'air correct.
Avec Frozen Synapse, en fenêtré aussi, j'ai bien accès à l'overlay. Et F12 marche effectivement pour les captures.
Je suis en 13.04 64 bits (mais je ne vois pas bien en quoi ça pourrait jouer).
EDIT : j'ai tort, le 64 bits a l'air d'y être pour quelque chose :
https://github.com/ValveSoftware/steam-for-linux/issues/519
Steam ne gère pas (encore) l'overlay pour les binaires 64 bits. J'avais entendu dire que Steam gérait depuis peu les binaires 64 bits mais je ne savais pas que FTL était concerné.
EDIT 2 : cela dit des gens disent que ça fonctionne avec certains jeux 64 bits. Alors est-ce qu'il faut utiliser le client Steam bêta, est-ce que ça dépend des jeux...