Sur Linux, les "raccourcis" qu'on trouve dans le menu des applications sont des lanceurs, càd des fichiers (texte) en .desktop qui contiennent des infos sur le nom à afficher, la commande à lancer, l'icône à utiliser ainsi que la/les catégorie(s), etc.
Les lanceurs sont installés soit au niveau système pour tous les utilisateurs (/usr/share/applications), soit dans le dossier perso d'un utilisateur pour lui (dans ~/.local/share/applications).
Pour ajouter ton TB installé en local dans le menu, il faudrait créer un lanceur dédié. Tu peux éditer un fichier texte (le nom a peu d'importance, appelons-le par exemple thunderbird-local.desktop) :
gedit ~/.local/share/applications/thunderbird-local.desktop
et dedans, mettre le contenu suivant en adaptant la ligne Exec pour mettre le chemin complet vers la commande thunderbird de la version installée dans ton dossier perso :
[Desktop Entry]
Encoding=UTF-8
Name=Thunderbird (local)
Exec=thunderbird %u
Terminal=false
Type=Application
Icon=thunderbird
Categories=Application;Network;Email;
Une fois ceci fait, tu devrais voir un "Thunderbird (local)" en plus de celui d'origine dans ton menu. Si tu veux que seule cette version s'affiche, nomme plutôt le fichier du lanceur thunderbird.desktop dans la première commande : étant donné que c'est le nom du lanceur d'origine, ton fichier prendra le pas dessus, les fichiers locaux identiques ayant priorité sur la version système.
Concernant les mises à jour, il faut savoir que lors de la durée de vie d'une version d'Ubuntu, les logiciels dans les dépôts ne sont jamais mis à jour (sauf pour quelques exceptions) hormis les correctifs de sécurité. Pour avoir une version plus récente de TB, il faudra passer à une version plus récente d'ubuntu (et TB se retrouvera ensuite rapidement à la traîne par rapport à la version Windows pour les mêmes raisons), ou l'installer autrement, par exemple via un paquet Flatpak ou Snap s'il y en a pour TB.
