Ah, c'est peut-être l'extension qui gère le bureau sur GNOME qui n'est pas très au point. Tu peux trouver le fichier en allant dans le dossier Bureau qui est dans ton dossier perso plutôt que la "zone" du bureau. Ou sinon :
mv ~/Bureau/appimagekit_3f5726e4e06059d0c71daaf-Electrum.desktop ~/.local/share/applications