Il n'y a pas grand chose dans l'historique à part que tu as essayé de lancer Nautilus en admin. C'est par lui que tu as supprimé des icônes ? Si c'est le cas, on n'aura effectivement aucune info sur ce que tu as fait.
Essaie à tout hasard de réinstaller Adwaita :
sudo apt-get install --reinstall adwaita-icon-theme adwaita-icon-theme-full
Au vu du problème, j'aurais tendance à penser que tu as supprimé des icônes qui sont dans hicolor mais le dossier est toujours là, donc je ne sais pas... À moins que tu l'aies supprimé et que certains paquets l'aient recréé pour mettre leurs icônes. Le thème hicolor est celui par défaut sur lequel tous les autres thèmes retombent, dans lequel les applis diverses mettent leurs propres icônes. Ce n'est pas un thème complet en lui-même. Si tu as supprimé son contenu, il faudrait grosso modo réinstaller toutes les applis pour qu'elles remettent leurs icônes en place. Autant dire que dans ce cas-là, c'est mal barré...
Cela dit, je suis à peu près sûr que le thème qu'on voit sur ta capture en #24 n'est pas Adwaita. D'ici à ce qu'il y ait un deuxième problème spécifique à Docky... Donc, je réitère ma demande : est-ce que tu pourrais poster une capture d'une fenêtre Nautilus ? histoire de voir à quoi ressemblent les dossiers (et confirmer ou non que c'est bien Adwaita ou s'il se rabat sur un autre thème).
